Унутрашње организационе јединице Управе су:

Сектор за планирање и техничку припрему

- Одсјек за планирање
- Одсјек за техничку припрему

Сектор за уговарање и контролу квалитета докумената

- Одсјек за уговарање
- Одсјек за контролу квалитета докумената

Сектор за реализацију и мониторинг

- Одсјек за високоградњу
- Одсјек за нискоградњу и комуналну инфраструктуру

Сектор за финансијско-рачуноводствене послове

- Одсјек за финансијску оперативу
- Одсјек за рачуноводствене послове

Сектор за правне послове и људске ресурсе

- Одсјек за правне послове
- Одсјек за људске ресурсе

Одјељење за унутрашњу ревизију

Служба за опште послове